Działalnością Centrum Kształcenia Podyplomowego Pielęgniarek i Położnych kieruje dyrektor, powoływany przez Ministra Zdrowia, przy pomocy zastępcy dyrektora. Poszczególnymi komórkami organizacyjnymi kierują kierownicy biur.
Kierownictwo:
Dyrektor: dr n. med. Beata Guzak
Z-ca Dyrektora: dr n. o zdr. Beata Szlendak
Główny Księgowy: mgr Joanna Olszewska
Kierownik Biura Administracyjnego: mgr Julianna Łobodziec
Kierownik Biura Analiz i Kształcenia Podyplomowego: mgr Elżbieta Dudek
Kierownik Biura Państwowego Egzaminu Specjalizacyjnego: mgr Agnieszka Janczura